2009年十月， 一群西班牙科學家在Science發表了一篇文章: Reactome Array: Forging a Link Between Metabolome and Genome. (Science 2009, 326, 252). 他們在這個稱為Reactome Array的晶片上，放上了1676個生物體常見的代謝化合物，這些代謝物以四級胺鍵跟螢光基團Cy3連接，並向外連接兩個Histidine，這兩個Histidine可以與接在晶片表面上的Cobalt金屬錯合物形成鍵結，這時候螢光基團是被quench住的，因此不發螢光，當某個認識代謝物的酵素跑過來反應時，這個弱四級胺鍵會斷裂，兩個Histidine不再鍵結到cobalt錯合物，造成螢光基團的脫離，quench效應停止而發出螢光。
這篇如史詩般壯麗的paper，光是supporting information就有553頁，一發表出來馬上引起世人的注意，如果是這篇是真的，這樣科學家們可以不用對生物作基因定序，就可以知道這個生物帶有哪些代謝酵素，這實在是一個劃時代的研究啊。
然而這篇paper的嚴謹性卻備受質疑，就像掉在鞋子裡的小石頭一樣讓人很不舒服，而且這些小石頭越挖越多，最後簡直像一場災難。
首先吐血的是有機化學家，他們看到Figure 1差點心臟病發，這個錯誤百出的paper，馬上在各個論壇引起廣泛的討論，化學鄉民們紛紛找出這篇paper內不合理的地方，讓我想起了以前很愛玩的一個遊戲"大家來找碴"。
好的，先給大家十分鐘時間，看看下面這張圖有哪些問題:
...............................
...............................
...............................
時間到.....答案是，這篇Science paper的第一張圖，竟然出現六個錯誤:
我們一點一點來討論:
1. 他們所用的dye Cy3結構不是這樣畫滴，查一下維基會很難嗎?
2. 雖然O2畫在S上面意思到了，但是有機paper這樣寫一定會被reject。
3. 這個結構非常奇怪，從他的supporting information的合成中，看不出來是怎麼做的，在ketone旁邊沒有任何leaving group可以跟carboxylic acid反應啊??!!
4. 大家完全搞不懂Cobalt-OH 伸出來的那兩鴕到底是什麼，是空軌域嗎? 還是某種神祕的bonding? 揣測一下這些生物學家的化學程度，我猜他們用的應該是Histidine-Cobalt Affinity Gel常用的裝置吧? 示意圖如下:
Cobalt II具有六配位，Histidine過來時取代兩個水分子形成配位，所以有Histidine 鍵結應該不會出現那兩個OH基才對。
5. Carboxylic acid少一個氧。
6. 好奇怪的anhydride，看了supporting information的合成，才知道他們要做amide bond，這個錯誤也太離譜了吧?
光是一張圖就出現了六個錯誤，更何況553頁的supporting information，但是竟然逃過了reviewers的法眼，登上科學最高殿堂的Science雜誌!!
西班牙團隊受到來自各方的壓力，他們目前正提出修正，Supporting information增加到恐怖的672頁，想要封住鄉民們的嘴，以下是他們修改的版本:
這張是他們對Figure 1 修改之後的圖:
看來他們在經過"化學高人"指點之後，已經做了大部分的修改，但是那兩鴕奇怪的東西還在，這樣畫到底是六配位還是八配位啊?!搞不懂。而且當配位基的N還多了一個正電，這樣改有點太畫蛇添足了。
關於第三點的化合物合成，他們修改後是這樣的:
哇靠! 這跟他們原始paper的合成也差太多了吧?!! 讓人不禁懷疑這些實驗是不是憑空想像的，如果不是的話，這麼重要的步驟為什麼前後會有兩種不同的合成路徑??!! 當初也有人懷疑，這個名不見經傳的西班牙研究團隊，以前也沒看他們發什麼paper，真的有能力合成1676個代謝物連接螢光基團的化合物嗎? 不過當然會有西班牙的愛國主義鄉民出來反駁，說這是種族歧視，美帝不要以為自己做不出來別人也做不出來，可是事實上，這篇paper真的是疑點重重啊。
不過話說回來，要說這篇全部造假的話也不太可能，光是supporting information就有672頁，要造假也太"搞肛"了吧?
以下是一些專家的評語:
威斯康辛大學教授，同時也是ACS Chemical Biology的編輯Laura L. Kiessling說: "The chemistry just doesn't make any sense." “It was just so obvious the chemistry was flawed.” 還有最狠的一句 "It's great that biological people are trying to use chemistry." 意思是說，學生物的人試著做化學是很好啦，但是也請把有機學好一點 (設計對白)。
哈哈哈佛大學的Timothy Mitchison教授說: "The more I looked at Figure 1, the less I understood." (這個圖我是越看越霧煞煞)
牛津大學的 Ben G. Davis說: Many colleagues “think it must be fraud. I’m trying to keep an open mind. But clearly there are a lot of unexplained elements." 雖然我很多同事都說那是豪洨的，但是我情願等待他們更完整的解釋。
Science的主編Bruce Alberts趕在2009年的聖誕節前，發出了一篇聲明“Editorial Expression of Concern"，警告Science的讀者 "Serious questions have been raised about the methods and data presented in this article." 他們已經開始著手調查這篇paper的數據，而且他也承認，審這篇的reviewers沒有一個有機化學家，看來這些審paper的生物學家們也是半斤八兩，這不禁讓人懷疑，Science在發表文章的時候是不是太隨便了點??!!
讓我們靜待事情的後續發展吧!
留言列表
