目前分類:化學世界 (16)

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當一個科學家強到一個程度時,就會開始試著解決科學最基本的問題,這些問題往往困擾了人類好幾個世紀,譬如: 生命的起源為何? 第一個生物分子是怎麼來的?

有機界神仙級的人物,哥倫比亞大學的 Ronald Breslow 也不例外 (他其中一個學生是2005年諾貝爾獎得主 Robert Grubbs,就知道這個人有多牛了)。他最近來我們化學系演講,題目是 "The Origin of Homochirality on Prebiotic Earth",大家無不興致盎然,果然到了那天,整個演講廳連個可以站的地方都沒有。聽完演講果真沒令人失望,除了佩服他這麼老了還對科學充滿熱忱,也不得不讚嘆,當一個人化學強到某種等級時,是如何使用最簡單的化學原理來解決困擾科學家多時的基本問題。

他最近試著解決的問題就是: 分子的手性從何而來? 為什麼所有組成蛋白質的胺基酸都是 L form,而組成DNA的核糖都是 D form?

 

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自從Peter G. Schultz從Science撤稿之後,大家就在等待他們是否可以證明用Unnatural amino acid Mutagenesis的方法來製造醣化蛋白質。不過現在要製造醣化蛋白質多了一個新方法,由馬里蘭大學跟瑞士ETH合作的一篇paper (Nature Biotechnology 2010),他們將特殊基因導入大腸桿菌,促使大腸桿菌製造醣化蛋白質,其原理如下:

 

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來自蘇格蘭的 David O'Hagan教授,在2002年的 Nature雜誌 (Nature 2002, 416, 279),發表了世界上第一個氟化酵素 (Fluorinase),引起世人的關注。最近他們與 UC San Diego 的 Bradley S. Moore 教授合作,利用基因工程的方法將這個Fluorinase基因插到一種深海細菌 (Salinospora tropica) 的DNA當中,促使這細菌生產含氟的抗癌藥物 (salinosporamide A),並發表在最近一期的 J. Nat. Prod. (DOI: 10.1021/np900719u)。

這是一個相當fancy的方法,利用生物可以大量生產抗癌藥物,製藥公司也可以大大降低成本。

 

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"In the Pipeline"一直是我喜歡的化學部落格,他不僅討論最新的藥物化學研究,而且還有目前的製藥產業發展,對於化學研究者非常實用,部落格的作者Derek Lowe本身也是有機化學的PhD,他以他待在有機實驗室多年的經驗,整理出自己的一套法則: "Lowe's Laws of the Lab",作為有機實驗室的生存之道,有些雖然有點白爛,不過大致上都很中肯,在此分享給大家:

 

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上一集提到這篇被有機化學家捅到半死不活的Science paper: Reactome Array: Forging a Link Between Metabolome and Genome. (Science 2009, 326, 252),這次換酵素學家來補刀也是剛好而已。布朗大學的David Cane以Enzymology的角度,提出種種質疑,讓我們來看他砍了哪幾刀:

 

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2009年十月, 一群西班牙科學家在Science發表了一篇文章: Reactome Array: Forging a Link Between Metabolome and Genome. (Science 2009, 326, 252). 他們在這個稱為Reactome Array的晶片上,放上了1676個生物體常見的代謝化合物,這些代謝物以四級胺鍵跟螢光基團Cy3連接,並向外連接兩個Histidine,這兩個Histidine可以與接在晶片表面上的Cobalt金屬錯合物形成鍵結,這時候螢光基團是被quench住的,因此不發螢光,當某個認識代謝物的酵素跑過來反應時,這個弱四級胺鍵會斷裂,兩個Histidine不再鍵結到cobalt錯合物,造成螢光基團的脫離,quench效應停止而發出螢光。

這篇如史詩般壯麗的paper,光是supporting information就有553頁,一發表出來馬上引起世人的注意,如果是這篇是真的,這樣科學家們可以不用對生物作基因定序,就可以知道這個生物帶有哪些代謝酵素,這實在是一個劃時代的研究啊。

然而這篇paper的嚴謹性卻備受質疑,就像掉在鞋子裡的小石頭一樣讓人很不舒服,而且這些小石頭越挖越多,最後簡直像一場災難。

  

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以下轉錄自Ptt網友DHPR的文章,他是來自PGS實驗室的研究生,能申請到Scripps真的是強者中的強者,以下是他對於我的文章所做的回覆,因為我的資訊大部分來自於最近Science跟Nature的兩篇專文,還有一些國外化學部落格的評論,其中有一些不為人知的細節需要讓大家了解,因此在徵求DHPR同意後,我將文章轉貼到這裡來,而整個事件的拼圖,也因為這篇文章而顯得完整了。其中還有他個人的經驗談,我看了覺得獲益良多,在此與大家分享。

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很多人問我關於2007年寫信恐嚇Zhang的嫌疑犯到底是誰,其實12月18日的Nature一篇專文有提到 (http://www.nature.com/news/2009/091218/full/news.2009.1152.html) ,原文如下:

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 井崗山.jpg

第二集講的是發生在中國科學界的黑暗故事,不僅讓參與其中的科學家身敗名裂,也讓整個中國科學界蒙羞。

首先出包的是井岡山大學,這間學校我問了好幾個大陸人,結果都沒有人聽過,但是因為這件事而變得家喻戶曉,真是壞事傳千里啊。

  

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做科學研究最大的忌諱就是造假,這些造假的科學家們 (或者不配被稱作科學家的人們),不僅得到嚴厲的譴責,而且往後在科學研究的路上,必定也是蒙上不名譽的陰影,之前南韓科學家黃禹錫的人類胚胎幹細胞的研究造假就是最明顯的例子。2009年的化學研究也出現了很多faked science,而這些paper最後都被抓包並予以撤稿,其中不乏JACS跟Science這些重要的Journal,讓我們來看看今年被撤稿的這些paper還有後面的故事,提供給大家做警惕。   

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今天得知ㄧ個令人震驚的消息,渥太華大學的Keith Fagnou教授於昨日去世,MITbbs論壇有個人的老闆說他是死於Swine Flu,學校的聲明如下。

http://www.media.uottawa.ca/mediaroom/news-details_1776.html

 

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chemistry-cake.jpg  

 

從大陸論壇轉貼過來的,不知這位勇者是否還在人世,在此致上最高的敬意........

 

HCl

稀:比較酸,感覺嘴裏滑溜溜的,典型的嘔吐物感,微辣。

濃:極度的酸,吐掉以後回味苦,然後整個嘴裏發涼,10分鐘後好轉。

 

H2SO4

稀:淡淡的酸味,回味感覺油膩,微熱,甜,無任何不適感。

較濃的(40%左右的):超燙,感覺喝燙稀飯了,然後微甜感和痛感並存,持續2天才退(98%的純正濃硫酸不敢喝)。

 

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 chem.png

好吧,這篇是用來吐槽上一篇的,不過其實他們也沒有猜中物理獎的得主,所以也沒什麼好意外的。今年的諾貝爾化學獎頒發給英國醫學研究委員會劍橋分子生物學實驗室的Venkatraman Ramakrishnan、美國耶魯大學和霍華休斯醫學研究所的Thomas A. Steitz、以及以色列的Ada E. Yonath,獲獎理由是因為他們揭示了Ribosome的結構及功能。

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nobelpredict-process.gif 

再過幾小時,諾貝爾化學獎就要公佈了,許多人已經迫不及待開始預測今年的得主,其實有一個網站Thomson Reuters就專門做諾貝爾獎的預測,從1989年至今已經成功預測了30位諾貝爾獎得主。

 這些被Thomson Reuters預測的人被稱為Thomson Reuters Scientific Laureates,主要依據是他們在Web of Science®中論文被引用的重要性,預測分為幾個步驟,首先統計在過去二三十年裏每個小領域內各個重要作者的總引用量、單篇引用量、高被引文章總數。Thomson Reuters Scientific Laureates得主通常名列其研究領域科研人員的前千分之一(0.1%)。

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Chem His.jpg 

上一篇寫到 Hofmann Rearangement 時,我常常會懷疑到底是Hofmann還是Hoffman或是Hoffmann,我想學化學的人對這個名字應該也不陌生吧,有時候你會以為這個霍夫曼怎麼這麼厲害,一個人做這麼多事情,結果發現其實他們是不同的霍夫曼。我之前看到有人整理了化學史上的霍夫曼,比較有名的有五個,希望藉由釐清他們的工作,以後就不會再混淆了,以下一一介紹:

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其實是昨天Group meeting的時候,"歹到陣"同學(我給她取的綽號,本來叫做"臭臉人")報告一個化學家Jeffrey Aubé,這個人的實驗室最常做的反應就是Azido-Schmidt Reaction (如下):

Azido-Schmidt.gif 

 

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